Ο Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος Β΄ (κατά κόσμον Ηρόδοτος Δημητρίου έφυγε από τη ζωή ύστερα από πολύμηνη μάχη με τον καρκίνο του παχέος εντέρου. Τις τελευταίες ώρες μετά από επιθυμία του είχε παραμείνει στο διαμέρισμα του στο Αρχιεπισκοπικό μέγαρο, όπου λάμβανε όλη τη αγωγή που έπρεπε. Παρ’όλη, την κατάσταση του, λίγο πριν φύγει από τη ζωή ήταν σε θέση να επικοινωνεί με το περιβάλλον του και να ασκεί τα καθήκοντα της καθημερινότητας του.
Ο Αρχιεπίσκοπος Κύπρου ήταν ο Πρώτος τη τάξει των Αρχιεπισκόπων Αυτοκέφαλων Εκκλησιών γεννήθηκε στην επαρχία Πάφου στο χωριό Τάλα, Αμέσως μετά την πρωτοβάθμια εκπαίδευση, έγινε δόκιμος μοναχός στην Ιερά Μονή Αγίου Νεοφύτου και στη συνέχεια φοίτησε στο Γυμνάσιο Πάφου. Αποφοίτησε από το γυμνάσιο το 1963 και στις 3 Νοεμβρίου του ίδιου έτους χειροτονήθηκε διάκονος.
Το 1968 ξεκίνησε τις σπουδές του στη Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, από όπου αποφοίτησε το 1972. Στις 19 Οκτωβρίου του ίδιου έτους εξελέγη ομόφωνα ηγούμενος της Μονής Αγίου Νεοφύτου, χειροτονήθηκε πρεσβύτερος και εγκαθιδρύθηκε ως ηγούμενος στις 12 Νοεμβρίου από τον Αρχιεπίσκοπο Μακάριο Γ’. Στις 25 Φεβρουαρίου 1978 εξελέγη δια βοής Μητροπολίτης Πάφου.
Μετά από τη μακροχρόνια, μη αναστρέψιμη ασθένεια του Αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου Α’, συνήλθε Διευρυμένη Σύνοδος υπό τον Οικονουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο στην Ελβετία το Μάιο του 2006, η οποία κήρυξε τον αρχιεπισκοπικό θρόνο της Κύπρου σε χηρεία Έτσι ξεκίνησαν οι διαδικασίες εκλογής νέου Αρχιεπισκόπου, οι οποίες ολοκληρώθηκαν στις 5 Νοεμβρίου του ίδιου έτους με την εκλογή του Χρυσοστόμου Β΄ . Η ενθρόνισή του έγινε στις 12 Νοεμβρίου και, όπως αναφέρθηκε από τα ΜΜΕ, είναι ο μοναδικός αρχιεπίσκοπος Κύπρου που τέλεσε την κηδεία αρχιεπισκόπου Κύπρου.
Στις εκλογές για ανάδειξη αρχιεπισκόπου, έλαβε στην λαϊκή ψήφο (δηλαδή οι άρρενες χριστιανοί ορθόδοξοι της Κύπρου) λίγο περισσότερο από 8%.. Ανθυποψήφιοί του ήταν τότε ο Κύκκου Νικηφόρος και ο Μητροπολίτης Λεμεσού Αθανάσιος. Τον Νοέμβριο του 2006, στην ψήφο των εκπροσώπων των πιστών, ο Νικηφόρος πήρε 46 ψήφους, ο Αθανάσιος 45 και ο Χρυσόστομος έλαβε 9. Στην κάλπη των ex officio εκπροσώπων, ο Κύκκου πήρε 11 ψήφους, ο Λεμεσού 7 και ο Χρυσόστομος 12.
Στην κάλπη των γενικών αντιπροσώπων ο Λεμεσού πήρε 48 ψήφους και προκρίθηκε στην τελική φάση της ψηφοφορίας, ο Κύκκου 46 και ο Χρυσόστομος 6, τρεις δηλαδή λιγότερες από τον πρώτο γύρο. Στην κάλπη των ex officio, η οποία θα αναδείκνυε τον δεύτερο υποψήφιο αρχιεπίσκοπο, ο Μητροπολίτης Λεμεσού ενίσχυσε τον Μητροπολίτη Πάφου Χρυσόστομο. Μέσα σε αυτό το πλαίσιο, τελικοί υποψήφιοι αναδείχθηκαν οι Μητροπολίτες Πάφου και Λεμεσού και ο Επίσκοπος Κύκκου έμεινε εκτός εκλογικής διαδικασίας. Μετά ο Πάφου και ο Νικηφόρος ήλθαν σε συμφωνία και οι αντιπρόσωποι του Νικηφόρου ψήφισαν τον Χρυσόστομο για αρχιεπίσκοπο.
Με την ανάληψη των καθηκόντων του ως αρχιεπίσκοπος έθεσε στόχους για καλύτερη λειτουργία της Εκκλησίας της Κύπρου.Κατά την διάρκεια της θητείας του εκσυγχρονίστηκε ο Καταστατικός Χάρτης της Εκκλησίας της Κύπρου και δημιουργήθηκε η Θεολογική Σχολή της Εκκλησίας της Κύπρου. Ο Χρυσόστομος Β’ προώθησε την αλλαγή του απαρχαιωμένου προηγούμενου καταστατικού χάρτη της Εκκλησίας, ο οποίος ήταν σε ισχύ από το 1914 και έκτοτε αναθεωρήθηκε δύο φορές. Ο νέος καταστατικός χάρτης άλλαζε κυρίως το εκλογικό σύστημα, αναβαθμίζοντας την ισχύ των πιστών.
Όμως δεν περιορίστηκαν οι αλλαγές στην εκλογική διαδικασία, αλλά άλλαξαν τα σύνορα των μητροπόλεων (ευνοήθηκε η κατεχόμενη μητρόπολη της Κηρύνειας), δημιούργησε πενταμελές συνοδικό δικαστήριο, όπου ο κατηγορούμενος μπορούσε να εκπροσωπηθεί από δικηγόρο και, τέλος, άλλαξε τις διαδικασίες για έκδοση εκκλησιαστικού διαζυγίου.
Ακόμη, προώθησε διεύρυνση της Ιεράς Συνόδου με την ανασύσταση μετά από 800 χρόνια παλαιών επισκοπών που είχαν καταργηθεί κατά τη διάρκεια της Φραγκοκρατίας από τους Λατίνους το 1222. Έτσι η εκκλησία της Κύπρου, ως Αυτοκέφαλος, πέτυχε να έχει πλήρη Σύνοδο (με τουλάχιστον 13 μέλη) το οποίο σημαίνει ότι πλέον μπορεί να συγκαλέσει Μείζονα και Υπερτελή Σύνοδο χωρίς να χρειάζεται η συμμετοχή άλλων Επισκόπων από άλλες Εκκλησίες.
Επίσης, πρότεινε και πέτυχε κατόπιν διαβουλεύσεων με την Κυπριακή κυβέρνηση και το Υπουργείο Οικονομικών τη δημιουργία Ενιαίου Φορέα Μισθοδοσίας Εφημεριακού Κλήρου. Με αυτό τον τρόπο πέτυχε την ανεξάρτητη μισθοδοσία του κλήρου και εξασφάλισε την αξιοπρεπή διαβίωση γηραιών και επαρχιακών κληρικών χωρίς να επιβαρύνεται το κράτος. Ο Αρχιεπίσκοπος κατάφερε την ίδρυση της Θεολογικής Σχολής της Εκκλησίας της Κύπρου ένα σχέδιο το οποίο είχε οραματιστεί ο προκάτοχός του Αρχιεπίσκοπος Κύπρου Μακάριο Γ’ αλλά δεν κατάφερε να υλοποιήσει λόγω της τουρκικής εισβολής στην Κύπρο το 1974. Η σχολή ιδρύθηκε ως Ιδιωτική Σχολή Τριτοβάθμιας Εκπαίδευσης αλλά βάσει του κανονισμού της, ιδρύθηκε και λειτουργεί ως μη κερδοσκοπικός φιλανθρωπικός εκπαιδευτικός οργανισμός
